Generalsammlung

Mit rund zwei Dritteln nehmen die Samenpflanzen den größten Teil der Sammlungen des Herbariums Haussknecht ein. Die Sammlung ist weltweit ausgelegt; der Sammelschwerpunkt liegt auf Mitteleuropa, speziell auf Deutschland und die unmittelbar angrenzenden Regionen von Polen, der Tschechischen Republik, der Slowakei, der Schweiz, von Österreich und von Nord-Italien. Aufgrund seiner Geschichte und durch die Aktivitäten seines Gründers (Carl Haussknecht, 1838–1903) und ersten nachfolgenden Kurators (Joseph Bornmüller, 1862–1948) verfügt das Herbarium Haussknecht über sehr bedeutende historische Sammlungen aus Vorderasien. Diese wurden nachfolgend durch zahlreiche Sammelreisen nach Südosteuropa (Griechenland, Albanien) und in den kaukasischen Raum ergänzt. Durch ein 1974 vereinbartes gemeinsames Forschungsprojekt zur Flora von Kuba steht heute im Herbarium Haussknecht die bedeutendste Sammlung kubanisches Pflanzen außerhalb Amerikas für Forschungen zur Verfügung.

Die Sammlung wird gegenwärtig neu aufgestellt, die bisherige fascikuläre Lagerung aufgelöst und eine moderne Sortierung nach Pflanzenfamilien und aktuellen Gattungskonzepten vorgenommen. Die Typen  sind zu einem großen Teil erfasst (→ Virtuelles Herbarium); die Datenbank wird regelmäßig aktualisiert und erweitert.­­

Die Moossammlung des Herbarium Haussknecht gehört mit ca. 700.000 Belegen international zu den größten und wertvollsten ihrer Art. Sie erlangte ihre Bedeutung vor allem durch das Wirken von Theodor Herzog (1880–1961) und dessen Schüler Riclef Grolle (1934–2004) an der Universität Jena. Die Sammlung ist weltweit ausgelegt; ein leichter Schwerpunkt liegt auf Europa und Latein-Amerika. Durch den Erwerb des Herbariums von Karl Schliephacke (1834–1913) gelangte eine überdurchschnittlich hohe Zahl wertvoller Typen nach JE. Die Erfassung der Typen ist gegenwärtig nahezu abgeschlossen und wird regelmäßig aktualisiert (→ Virtuelles Herbarium). Die Sammlung ist alphabetisch nach Gattungen aufgestellt; modernere taxonomische Konzepte werden weitestgehend regelmäßig in der Sammlung nachvollzogen.

Die Pilzsammlung ist ebenfalls eine der kleineren Teilsammlungen des Herbarium Haussknecht. Sie ist alphabetisch nach Gattungen aufgestellt; die Typen sind gegenwärtig nur rudimentär erfasst. Größte Einzelsammlung ist mit ca. 95.000 Belegen die von Herbert Buhr (1902–1968), die erst 2007 aufgenommen wurde und derzeit noch im Originalzustand vorliegt.